本书内容主要包括以下四个部分：
　　初期对华传教运动
历史事件必须根据事实，联系当时的时代背景来看待。如果不能历史地看待历史问题，或用其他一厢情愿的方法去解读历史，历史事件就会失去它本身的历史意义，或得出错误的认识，也不能为后人所借鉴。这一部分论文旨在通过对传教运动历史背景的研究，揭示传教运动以及传教士在殖民主义扩张运动的政治背景、历史背景和思想背景下所进行的传教活动；通过研究历史有助于中国广大教牧同工、同道认识今天中国教会在新形势下继续坚持三自原则和独立自主自办教会的重要性和必要性。
基督教与中国文化
基督教进入中国后，传教士们把中国文化视作对立面，力图用与西方文化相结合的基督教信仰来取代或改造中国文化。这样的宣教方式导致了基督教与广大知识分子及人民群众的对立，而且直至今日中国教会在思想方式和神学思想上仍有很多与今天的中国社会主流文化格格不入之处，从而妨碍了基督教在中国的传播。这部分论文讨论了如何使中国教会扎根中国文化，成为真正的中国基督教。
中国教会的觉醒与三自爱国运动
　　回顾历史的目的是为了指导今天的实践。该部分论文通过对为西方殖民主义服务的神学思想的批判和对西方宣教方式的反思，回顾了中国教会自我意识的觉醒，并提出了今天中国教会坚持三自原则面临的挑战等。
中国教会的神学思想建设
　　该部分论文论及今天中国教会进行神学思想建设的必要性，如何建立中国教会自己的神学体系，中国教会如何与中国的社会主义社会相适应，如何为构建和谐的社会主义社会服务等。
研讨会邀请了卓新平等一些国内知名学者以及党、政宗教工作干部和我们的老、中、青年同工一起参加。大家从不同角度探讨了他们对于中国教会的历史、目前的状况及今后发展的观点，并提出了很多积极的建议。这次会议中学者们的积极参与有助于我们之间的交流，对中国教会的思考起到促进作用，对中国教会神学思想建设的发展起到推动作用。我们希望今后能够有更多的机会与学者和宗教工作干部们进行类似的学术交流，这对我们的研究、思考和工作都是大有裨益的。

序
　我们期望一个什么样的基督教?——在“传教运动与中国教会研讨会”开幕式上的致词
　诚实面对历史努力开拓未来——“传教运动与中国教会”研讨会开幕词
　以史为鉴办好中国教会——在“传教运动与中国教会”学术研讨会闭幕式上的发言
初期对华传教运动
　传教运动与政治
　基督教新教的传人　
　刍议殖民主义神学
　马礼逊传教事业的回顾与评价
　差会、传教士及传教运动
　晚清基督教教案发生的原因分析
　郭实腊其人及其在早期对华传教活动中所扮演的角色和影响
　从国际性传教大会历史看基督教新教传教观的改变
　早期来华传教士活动特点及其影响——以马礼逊和东印度公司的关系及其参与英国对华外交政治为例
基督教与中国文化
　基督教信仰与中西文化
　近代传教运动中传教士对中国文化的两种基本态度及简评
梁发及其《劝世良言》
早期教会大学的两种授课语言及其价值归宿
从中国教会大学看中国基督教培养爱国爱教人才的理据
神学思想建设是中国教会的文化任务
中国教会的觉醒与三自爱国运动
论近代殖民侵略历史中的教会觉醒——基于中国基督教三自爱国运动历史起因的分析(1840—1949)
中国耶稣教自立会发起原因研究
三自爱国运动是中国教会正确的历史选择——兼析莆田教会历史个案
中国教会合一理想的努力
宣教与中国教会的自我性
从圣经中的传福音原则反思——基督教在近代中国不具亲和性的原因及其启示
　从“上帝的宣教”看“宣教运动与中国教会”
中国教会的神学思想建设